Jan-Niklas Beste, một tài năng trẻ của lò đào tạo bóng đá vùng Ruhr, đã gia nhập Borussia Dortmund từ khi chỉ mới 8 tuổi. Anh đã trải qua những năm tháng đầy triển vọng tại Dortmund, từng tham gia các trận đấu trong khuôn khổ UEFA Youth League và từng thi đấu cho U16 và U18 Đức.
Jan Niklas Beste truưởng thành tại Dortmund nhưng đến khi được lên đội một thì anh chỉ có một trận đấu tại DFB Cup trước Rielasingen-Arlen ở tuổi 18.
Khi còn nhỏ, cầu thủ sinh năm 1999 chơi ở vị trí hậu vệ trái, nhưng suất vào đội một Dortmund đã bị Raphael Guerreiro lấy mất. Do đó, anh đã chuyển đến Werder Bremen vào mùa giải 2018/19. Tuy nhiên, sau khi không thể thể hiện mình, anh đã được cho mượn đến FC Emmen ở giải VĐQG Hà Lan trong mùa giải 2019/20. Tại đây, anh chỉ ra sân được sáu trận vì chấn thương đầu gối nghiêm trọng.
Sau khi bình phục, Beste tiếp tục được cho mượn đến Jahn Regensburg ở Bundesliga 2 trong hai mùa giải tiếp theo. Tại đây, anh đã ghi được sáu bàn thắng và giúp câu lạc bộ trụ hạng.
Heidenheim đã quyết định chiêu mộ Beste sau khi họ xếp thứ sáu ở Bundesliga 2. Với 12 bàn thắng và 13 đường kiến tạo, anh đã cùng Heidenheim lên hạng ở mùa giải tiếp theo.
Beste, với gương mặt râu rậm rạp, đã trở thành cầu thủ được chú ý nhất của Heidenheim khi thi đấu tại Bundesliga 2023/24. Anh đã ghi bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ tại giải đấu cao nhất nước Đức vào lưới Hoffenheim và giành được danh hiệu Bàn thắng đẹp nhất tháng 8 của Bundesliga.
Tài năng của Beste đã giúp Heidenheim nằm giữa bảng xếp hạng Bundesliga. Sau khi thể hiện khả năng ghi bàn ở các tình huống cố định cùng phẩm chất kỹ thuật xuất sắc, Beste đã được triệu tập lần đầu tiên vào tuyển Đức vào tháng 3 năm 2024.